A mio avviso in questo caso va applicato il codice a tutto.
Da quello che ho capito al corso base (che sto ancora seguendo), si deve individuare l'attività principale che si svolge nell'edificio (non tanto l'attività "soggetta", quanto proprio quella "principale").
Se l'attività principale è quella del deposito di materiali (e gli uffici sono di pertinenza del deposito, per esempio una ditta di import-export o logistica) allora se anche gli uffici stanno in un comparto diverso (ma comunicante e afferente allo stesso soggetto) si deve applicare il codice a tutto, uffici compresi (a meno che non siano proprio in un fabbbricato separato o strutturalmente indipendente).
Se invece avessi ad esempio un'attività industriale, che ha una parte principale adibita a produzione (di per sè non soggetta) e una piccola parte adibita a deposito di materie prime o prodotti finiti (soggetto), allora in questo caso si applica il codice al deposito e mi verrebbe da dire il mini-codice al resto. Però ho dei dubbi su questo, più che altro su cosa i VVF intendano per attività principale o meno, e soprattutto qualora il deposito comunicasse direttamente con il resto dell'attività, la vedrei difficile applicare il codice "solo in parte" (ad es. con la verifica delle vie di esodo o con la gestione delle emergenze come la mettiamo?

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Ad esempio, prima del codice se avevo un capannone industriale dove l'unica attività soggetta era la CT, io ho sempre visto fare la pratica per la sola attività CT (74), ma quello è un caso particolare in cui la CT e il resto dell'attività sono di solito ben separate e non vi sono interferenze (ad es. la CT è accessibile solo dall'esterno, non vi sono vie di esodo che si intralciano, ecc...).
In un caso dove, in uno stesso edificio si svolgano più attività, alcune soggette e altre no, direi che si deve per forza applicare il codice a tutto, poi su quale sia da considerarsi attività soggetta principale e quale secondaria è solo una questione di protocollazione al SUAP o ai VVF, dato che comunque la RTO del codice è strutturata in modo da essere applicabile in generale, e non solo alle attività elencate nel DPR 151.